במסגרת תקנת בן צבי הנמצאת באגף מורשת מתקיימות פעילויות בנושא מורשת יהדות המזרח. הפעילות כוללת תחומים רבים ובהם:
- חלוקת מלגות לחוקרים הלומדים לתארים מתקדמים (בעיקר תלמידי דוקטורט)
- הפקת ספרים במגוון נושאים כאשר מדי שנה וראים אור כ- 10 ספרים, וספרים אלה מהווים מסד תשתיתי לכל חוקר ומתעניין בתחום יהודי המזרח
- הפקות מיוחדות של גליונות כתב העת 'עתמול' המיועדות למערכת החינוך, כאשר השנה ראתה אור חוברת מיוחדת על חיי היהודים בארצות ערב שהופקה לציון יום היציאה והגירוש.
- הוצאה לאור של ספרי קהילות העוסקים בחיי היהודים בארצות המזרח במאות ה- 19 וה- 20 עד עלייתם ארצה, ועד עתה ראו אור בסדרה 14 ספרים שהפכו לנכס צאן ברזל לכל המתענין בנושא. כל כרכי הסידרה ללא יוצא דופן נמצאים בספריות בתי הספר ברחבי הארץ, ומסייעים לתלמדים ולמורים בלימוד התקופה, ועתה אנו שוקדים על הפקת שלושה ספרים חדשים בסדרה זו (לבנון, בוכרה וגאוגריה).
- הוצאה לאור של הרבעון 'פעמים' ועד עתה ראו אור 145 חוברות מכתב העת (למעלה מ - 35 שנים!)
- עריכת עשרות כנסים וימי עיון לציבור הרחב ולחוקרים במגוון נושאים, כולל האירוע המרכזי הנערך ב- 30.11 לציון יום היציאה והגירוש של היהודים יוצאי ארצות ערב.
- 'קדמתא' ריכוז כל תלמידי המחקר מכל האוניברסיטאות החוקרים את תחום מורשת יהדות המזרח.
- הקמה והפעלה של מרכז התיעוד על יהודי צפון אפריקה במלחמת העולם השנייה - המרכז חוקר את תולדות היהודים בתקופה, מפעיל שורה של אתרי אינטרנט במספרשפות (עברית, אנגלית וצרפתית), מפיק מערכי שיעור מקוונים על הקיום היהודי בארצות המזרח בתקופת השואה. למרכז דפי פייסבוק בשפות זרות ועשרות אלפי גולשים (כולל אלפים ממדינות ערב) צופים בפוסטים השונים המועלים בו.
- אנסמבל הפיוט של יד בן צבי פועל מזה שנים ומופיע באירועים שונים ברחבי הארץ ומביא צליל ייחודי המשלב את פיוטי ארצות המזרח ושילובם בתרבות הישראלית.
- בשיתוף קרן גשר אנו שותפים בהפקת סרטים שונים, והסרט האחרון שראה אור במסגרת שיתוף פעולה זה הוא: "הממלכה האבודה של פפא אלייב" המתאר את משפחת המוזיקאים מבוכרה.
- תוכנית 'בואו לגני' מפגישה ילדים מגן הילדים את הוריהם עם שירת הפיוטים ממגוון מסורות בהתאמה לתכנית הלימודים בגני הילדים. העקרונות החינוכיים של התכנית כוללים פיתוחכשורי שפה, חווית שירה והעשרה שפתית וספרותית.
- בשיתוף הארגונים של יוצאי הקהילות אנו מקיימים עשרות ערבי קהילות בכל רחבי הארץ אליהם מגיע ציבור מבוגר וצעיר כאחד. מגוון קהילות נוטלות חלק באירועים אלה. ובהן לוב, מצרים, עיראק, מרוקו, תימן, קוצין ועוד.